Важное значение для решения поставленных задач имела рациональная структура таможенной службы, конкретные мероприятия, направленные на осуществление внутреннего и пограничного контроля. Разработанная   ГТК РФ программа развития таможенной службы предусматривала приоритетное развитие сети таможенных органов внутри страны одновременно с развертыванием сети таможенных органов на новых участках государственной границы с бывшими союзными республиками СССР. Предусматривалось создание на территории России 227 таможен, 26 из которых   оставалось на границе. Предполагалось увеличить штат таможенных органов еще на 15 тыс. человек.
Эти меры позволили максимально приблизить  таможенное оформле-ние и таможенный контроль к индустриальным центрам страны, непосредственным производителям и получателям товаров. Таможенные органы получали реальную возможность  оказывать содействие развитию внешне-экономических связей предприятий, снижению накладных расходов участников ВЭД. Таможенная служба  тем самым превращалась  в реально действующий инструмент государственного регулирования внешнеторго-вого оборота, внешнеэкономической деятельности в целом, наполнения доходной части федерального бюджета.
В 1991-1993 гг. шел качественный и количественный рост таможенной системы. Только за 1992-1993 гг. количество пограничных таможен выросло в 2 раза, на треть возросло количество внутренних таможен, произошло пятикратное увеличение количества таможенных постов. К 1993 г. существовало более 400 таможенных учреждений вместо 200 на начало 90-х гг.  Одновременно совершенствовалась система региональных таможенных управлений,  образовывались новые региональные таможенные управления.